Günümüzde Fener Patrikhanesinden bağımsız bir yapı sergileyen Yunan Ortodoks Kilisesi, Yunanlılar üzerinde önemli bir fonksiyona sahiptir. Bu fonksiyon, Yunan Devleti’nin gerek kendi iç meselelerinde gerekse de uluslararası ilişkilerde kendini hissettirmektedir. Bununla birlikte Yunan Kilisesi, Yunan milli kimliğinin oluşmasında ve Osmanlı Devletine karşı yapılan isyanlarda belirleyici rol üstlenmiştir. Ayrıca Yunan Kilisesi, Yunanistan’ın dış dünya ile olan münasebetlerinde, özellikle Türkiye’ye ve Türklere bakışında sürekli etkinlik göstermiş, bu etkinlik de genellikle olumsuz bir yönde seyir takip etmiş ve hala günümüzde Avrupa birliği süresince Türkiye’ye yönelik negatif tutum devam etmektedir.